Das Nordburgenland, speziell aber der Seewinkel, unterscheidet sich klimatisch gesehen stark von den meisten Regionen Österreichs. Zum einen liegt die durchschnittliche Jahresniederschlagsmenge von 600 mm weit unter den in anderen Gebieten gemessenen Werten, zum anderen können die Temperaturen im Jahresverlauf erheblich zwischen bis zu knapp 40°C im Sommer und knapp -20°C im Winter schwanken. Der Einfluss atlantischer Strömungen ist bereits deutlich abgeschwächt, es herrscht pannonisches, also leicht kontinental geprägtes Klima.
Statt eines typisch mitteleuropäischen Niederschlagsmaximums zur Jahresmitte gibt es zwei bis drei niederschlagsreiche Perioden. Mit einem Temperaturmittel von mindestens 10°C und durchschnittlich 61 Sommertagen mit Temperaturen über 25°C gilt die Region als die wärmste Österreichs.
Unter 0°C können von Oktober bis Mai gemessen werden, es treten allerdings Wintermonate auf, in denen die Lufttemperatur gar nicht unter die Frostgrenze fällt und die Höchstwerte bei 17°C liegen.
In unmittelbarer Nähe des Neusiedler Sees ist die Wirkung dieser großen Wasserfläche als Temperaturpuffer zu spüren. Besonders aus der Hauptwindrichtung - Nordwest - gibt der seichte, während der Nacht auskühlende See Wärme und Luftfeuchtigkeit in den Seewinkel ab, trägt so zu einer langen Vegetationsperiode von rund 250 Tagen bei und schafft ideale Bedingungen für den Weinbau: es gibt kaum Spätfröste im Frühjahr, im Sommer kommt es nicht zu extremen Temperaturschwankungen, und der Spätsommer gilt als der längste in Österreich.
Die Sommermonate sind heiß und trocken - viele Pflanzenarten legen daher während der Hitzeperiode eine Ruhepause ein und beginnen erst wieder im Herbst mit einer zweiten Wachstumsperiode. Das Zusammenwirken von geringem Niederschlag, hohen Temperaturen, geringer Luftfeuchtigkeit und ständigem Wind führt zu einer derart hohen Verdunstung, dass es im Sommerhabljahr während längerer Trockenperioden zu richtiggehend semiariden Bedingungen kommt. Das warme und trockene Klima trägt dazu bei, dass zahlreiche wärme- und trockenheitsliebende Tier- und Pflanzenarten vorkommen. Die Winter sind normalerweise schnee- und nebelarm, der See ist, wenn überhaupt, an höchstens hundert Tagen von Eis bedeckt.

Windmühle Podersdorf/See
Das Ostufer des Neusiedler Sees zählt zu den windreichsten Gebieten im europäischen Binnenland. Neben dem fast ständig präsenten Nordwestwind tritt auch trockener, böiger Südostwind häufig auf. Die Frühjahrsmonate gelten als die windstärksten. Von den vielen historischen Windmühlen am Nord-, Ost- und Südufer ist lediglich jene in Podersdorf/See erhalten geblieben. Sie ist 2001 renoviert worden.